Советская сторона выразила протест в связи с оправданием Папена, Фриче, Шахта и неприменением смертной казни к Гессу.
Трибунал признал преступными организации СС, СД, СА, Гестапо и руководящий состав нацистской партии. Решение о признании преступными Верховного командования и Генштаба вынесено не было, что вызвало несогласие члена трибунала от СССР.
Большинство осужденных подали прошения о помиловании; Редер — о замене пожизненного заключения смертной казнью; Геринг, Йодль и Кейтель — о замене повешения расстрелом, если просьбу о помиловании не удовлетворят. Все эти ходатайства были отклонены.
Смертные казни были приведены в исполнение в ночь на 16 октября 1946 года в здании Нюрнбергской тюрьмы. Геринг отравился в тюрьме незадолго до казни.
Приговор в исполнение приводил "по собственному желанию" американский сержант Джон Вуд.
Приговоренные к пожизненному заключению Функ и Редер были помилованы в 1957 году. После того, как в 1966 году на свободу вышли Шпеер и Ширах, в тюрьме остался один Гесс. Правые силы Германии неоднократно требовали помиловать его, но державы-победительницы отказались смягчить приговор. 17 августа 1987 года Гесс был найден повешенным в своей камере.